明朝招安的诏书和那身崭新的“五虎游击将军”官服，对于郑芝龙而言，绝非仅仅是荣誉和束缚，更是一把无坚不摧的“尚方宝剑”和一件光彩夺目的“护身符”。他立刻将其效用发挥到了极致，开始了一场令人瞠目结舌的权力与财富的急速扩张。
“报水”变“饷银”，他合法化垄断海上贸易。
招安之前，郑氏集团向过往商船收取费用，无论自称“保护费”还是“买路钱”，在官方语境下都是非法的“勒诈”。如今，摇身一变成为“朝廷命官”、“负责沿海防务”的郑将军，这项收入立刻拥有了冠冕堂皇的名目——“筹措军饷”、“助饷银”或“舶税”。
郑芝龙迅速颁布了他的“海上新规”。他派出快船，通告所有航行于福建至广东、浙江乃至日本、东南亚航线的中外商船：必须向“五虎游击将军府”申请、购买特制的“郑氏令旗”。旗帜上绣有复杂的符号和编号，根据不同船只的吨位和货物价值，收取数额不等的费用。
“凡悬我旗者，即为守法良商，我郑家水师保其平安，畅行无阻。”
“凡无旗或悬伪旗者，即为奸宄匪类，一经查获，船货没收，人员按通海盗论处！”
这道命令，借用了“靖海疆、剿海盗”的官方名义，将他个人的意志变成了具有强制力的“海上律法”。以往还需要动用武力威慑，现在则多了官府的背书，阻力大减。中国海商、葡萄牙人、甚至偶尔出现的英国船，都不得不低头购买这面“护身符”。唯有实力尚存、且与郑芝龙关系微妙的荷兰东印度公司，对此强烈抵制，成为了主要的例外，这也为未来的冲突埋下了伏笔。
这笔巨额收入，一部分用于维持庞大军舰和军队的开销（这使他能进一步扩充实力），一部分用于打点各级官府（从福建巡抚到基层胥吏），剩下的大部分则流入了郑芝龙的私人金库。他的财富以几何级数增长，“岁入千万计，富甲八闽”，绝非虚言。
“剿匪”扩张，他清除异己，整合航路。
“五虎游击将军”的职责是剿匪，这给了郑芝龙铲除所有海上竞争对手的绝佳借口。他挥舞着朝廷授予的旗帜，开始系统地清理福建沿海及台湾海峡的其他海盗集团和不服管束的零星海商。
以往的海盗火并，变成了“官军剿贼”。他利用情报优势和强大武力，对诸如李魁奇、钟斌等较大股的海盗势力进行精准打击，或歼灭，或收编。归顺者，纳入旗下，给予一定利益；抵抗者，则毫不留情地摧毁，其船队、货物、人员都被郑芝龙吞并。
这个过程，既巩固了他对航路的绝对控制，也进一步壮大了自身力量。福建沿海的海上秩序，前所未有地“清明”起来——因为所有的“匪”，要么被消灭，要么都变成了“郑将军”的一部分。通往日本、马尼拉、东南亚的主要贸易航线，几乎全部处于郑氏令旗的覆盖之下。
郑氏与官府既共生又博弈，关系微妙。
郑芝龙深知，他的权力基础源于海上武力，但其合法性外壳却来自朝廷。他与福建官府，尤其是巡抚熊文灿，形成了一种奇特的共生关系。
一方面，他是熊文灿赖以维持福建沿海“稳定”的武力支柱。因为有郑芝龙的存在，大规模的海寇侵扰几乎绝迹（因为都成了他的部下或被消灭），来自海上的威胁大大减轻，这成为熊文灿重要的政绩。郑芝龙则不时向官府“进献”俘获的“海盗”首级（可能是真海盗，也可能是**牺牲品）和大量“助饷银”，使得从巡抚到下面的官员都受益匪浅，乐见其成。
另一方面，他又极力避免朝廷过多插手他的内部事务。他拒绝朝廷派员监军，拒绝改变其军队的私人性质。对于朝廷试图调遣他的舰队去执行与自身利益无关的任务（比如北上支援对抗后金），他总是以“倭寇未靖”、“粮饷不继”等理由巧妙推脱或消极应付。
他像一条巨**，缠绕在明朝福建地方统治的身体上，既依靠其获得氧气和掩护，又悄悄地汲取着养分，不断壮大，甚至开始反过来影响这具身体的运作。许多福建官员实际上看他的脸色行事，而非相反。
澳门焦虑之余，只好适应新的形势。
在澳门，安东尼奥总督和议事会对郑芝龙的迅速崛起感到极度不安。他们亲眼看着这个曾经的“合作者”（与李旦、颜思齐时代有过贸易往来）变成了一个手握合法权力的垄断者。
“他现在的权力，比任何葡萄牙总督或荷兰司令都要大，”安东尼奥在议事会上警告道，“他一个人就控制着从生丝产地到最终市场的整条链条。我们以前需要和中国的官员、行商、水师等多方周旋，现在，似乎只需要通过他一个人了。这简化了流程，但也将我们的命脉置于他一人的喜怒之下。”
澳门不得不迅速调整策略。他们派出了正式的代表，携带厚礼，前往厦门（郑芝龙将活动中心逐渐转移至此）祝贺郑将军荣膺新职，并“主动”表示愿意遵守新的海上规矩，购买令旗，缴纳饷银。
郑芝龙对澳门使者还算客
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