最终朝廷议定将杨应龙革职，由其长子明播州宣慰使司同知：杨朝栋，代理职务，暂时羁押其次子明播州宣慰使司都事：杨可栋，为人质，等杨应龙如数缴纳罚款再行释放。
8月初2日，明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，首次带领建州女真左卫使团前往京城朝贡。
这次回来经历让他大开眼界，看着中原地区的繁华景象，在想想建州左卫军民指挥使司的蛮荒部落地区，让他开始对自己屈居在兄长的属下地位感到不满，他希望有朝一日能够当上建州女真左卫军民指挥使。
他还对中原先进的农耕文明和汉文化产生了浓厚兴趣。
为此还特意在京城订制了一件汉服，并且亲自穿着汉服入朝觐见大明天子，朝中的文武百官们见状，纷纷夸赞这是建州女真八部里面最有汉文化之人了，穿着冕服的明神宗：朱翊钧，也很赏识明建州左卫军民镇抚使，赐了许多金银珠宝给建州女真左卫朝贡使。
另外明礼科给事中：杨天民、明都察院四川道监察御史：牛应元，曾奏“建文年号，不宜革除，值会纂修国史之时，当更正洪武三十二年至洪武三十五年年号，以复建文元年、二、三、四，的四年之旧。”
礼部议从其议，明神宗亦表示同意，于9月16日诏以建文朝附国史《太祖本纪》末，复其年号。
10月17日，兵部考选军政，明神宗下令说“其中有许多副千户，未经奏请即署秩正四品官职（卫指挥佥事）？”
于是，下令严厉责备大臣们徇私、兵科不检举揭发，又责备五城御史抄太监客用家时不称旨，责备客用的财产私藏于明崇信伯：费甲金，家而刑部拷讯无实。
最后又移怒于南北两京六科、监察道御史官，责其失职，闭口不言。
为此先后将两京中的；兵部武选清吏司郎中、兵部给事中、兵部员外郎、兵部主事、十三道监察御史等文臣武将，三十余人尽罢斥为民，数十人或被降为杂职，或被贬级调外、发配边疆，或仃支俸一年。
明内阁首辅：赵志皋、明东阁大学士：陈于陛、明吏部尚书：沈一贯，及九卿各自上疏救援，明兵部尚书：石星，还请自己罢职以宽被害诸臣，但明神宗皆不听。
反而还惹得明神宗严治诸臣的圣旨频烦下达，举朝无不震惊，史称「军政之狱」。
11月10日，被留在四川承宣布政使司重庆府的明播州宣慰使司都事：杨可栋，突然病死在明军监视中。
消息很快就传开
来，杨应龙得知自己二子死去的消息，就怀疑是大明官员毒害的？他当即拒绝缴赎金，实际上朝廷东部战线未稳定不可能在挑起争端，为此又激起了朝廷的猜忌。
但沉浸在丧子之痛中的杨应龙，却未必会这样认为。
他要求地方官归还次子：杨可栋，的遗体，而官方以尚未完成勘报为由拒绝，并敦促播州宣慰使司继续缴纳赎罪金。
这使得杨应龙大怒，直接丢下一句“假如吾的儿子复活，银子就能送来。”
随后就率部驱使一千多名僧侣，举行招魂仪式，驰返播州宣慰使司，他认为这样可以把次子的灵魂带回故乡。
明万历二十四年公元1596年6月24日，明府军前卫副千户：仲春，疏请开银矿，以助重建坤宁宫、乾清宫，两大殿费用。
明神宗得知后马上降旨，命户部和北镇抚司锦衣卫队各派一人同明府军前卫副千户一起开采，其中明户科给事中：程绍、明工科给事中：杨应文，各上疏谏阻，可明神宗根本不听。
于是明户科给事中上奏说道“自嘉靖二十七年七月命采矿，至嘉靖三十六年十二月的尽十年间，先后委官四十余人，派防兵一千一百八十人，俸粮、器械、铅、炭，所费计银三万余两，而开矿所得只有银二万八千五百余两，得不偿失！”
然而自从明府军前卫副千户奏开矿之疏行起，献矿洞者踵至。
7月初2日，明北镇抚司锦衣卫百户：陆松、明鸿胪寺主簿厅主簿：许龙、明顺天府儒学教授：冯时行、明顺天府经历使：赵凤华，等官员各言开矿助大工，还有明詹事府录事：曾长庆，请在山西承宣布政使司平阳府解州夏县开矿。
明神宗不但皆予允准，而且于同日正式命户部赴北直隶京畿境内的真定府、保定府、蓟州镇、永平府，一带巡查开矿。
7月10日，被囚禁在建州左卫军民指挥使司的乌拉女真部贝勒：纳拉·满泰，之弟：纳拉·布占泰，在这三年中一直接受洗脑。
其中明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，的弟弟明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，还按兄长的旨意，将自己的长女：爱新觉罗·额实泰，嫁给了纳拉·布占泰为妻。
当乌拉女真部贝勒死后，明建州左卫军民指挥使见时机成熟了，便立即派遣明建州左卫军民试百户：图尔坤·黄占、明建州左卫军民总旗：博尔昆·费扬古，率兵护送纳拉·布占泰回归乌拉女真部，并迅速地掌管起乌拉女真部政权。
但乌拉女真部内前任乌拉女真部贝勒之叔：纳拉·博克多，因与纳拉·布占泰一起争夺汗位，先后被护送的建州左卫女真军所杀，在两位建州左卫女真将领的辅助下，纳拉·布占泰牢牢地掌握起乌拉女真部的统治大权。
在新任乌拉女真部贝勒：纳拉·布占泰，返回乌拉女真部的初期，他从自身安危考虑，与建州左卫军民指挥使司所部保持着友好的部邻关系，并将自己的妻妹嫁与明建州左卫军民镇抚使为妻，两部又一次联姻。
7月14日，前任明播州宣慰使：杨应龙，再次起兵叛乱率军袭击了四川承宣布政司播州宣慰使司境内的余庆长官使司，挖出前任明余庆长官使：毛承云，的棺木开始乱砍尸体。
还焚烧了草塘安抚使司，围攻黄平安抚使司，以及派弟弟明播州宣慰使司副使：杨兆龙，屠杀明重安长官使：张熹，一家上下。
又去掠夺贵州承宣布政使司境内的；石阡长官使司、都坝里、兴隆卫、偏桥卫、都匀卫，等地使得地方驻军们，纷纷联名上奏要求派兵镇压明播州宣慰使。
7月20日，明承运库掌印太监：王虎，带领明户部山西清吏司郎中：戴绍科，和明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：张懋忠，在京畿内上述各府州兴工开采。
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