由于朝廷加强了沿海地区的防务，孙恩大军在海岛无法获得给养，再加上祸不单行，军中又爆发疫病，死者大半。
到了元兴元年（402）三月，孙恩终于承担不住内部压力，又发兵进攻临海。这次，孙恩军并未掀起什么大的波浪，不久传来消息，临海太守辛景大胜而归，孙恩及其部分家属，再加上部下总共百余人，一起投海而死。
当然，这时孙恩的死已经不能激起什么波澜了，因为建康的东晋朝廷遇到了前所未有的危机。
孙恩叛乱之前的三吴之地，虽然百姓广受剥削，但因承平日久，相较其他地方已是十分富裕。
然而孙恩之乱中，浙东百姓所遭受的不仅有孙恩军的烧杀抢掠，还有来自于朝廷的伤害。因为朝廷所派的大军除了镇压之外，也大多趁机在此大肆掠夺屠杀，导致民怨四起。
孙恩之乱持续了多年，三吴之地早已被搞得残破不堪，死者甚众。百姓既然忧心身家性命和不多的财产，自是无心也无力好好耕种。
而现在，老天又来凑了个热闹，气候持续干旱，这毒疮终于被戳破，爆发了大规模的饥荒。
此时的东晋朝廷所能控制的区域，实质上只有所谓“东土”的三吴地区，其余都不过是名义上的臣服，再加上荆州都督桓玄又有不臣之心，此时更是抓住机会落井下石，封锁了长江，不让物资向下游运输。
朝廷眼看着自己都要吃不上粮了，终于不得不睁眼看到这不断积累的痛苦，而到了这个时候，饥荒与疫病，则早在这片土地上无情地肆虐了很久。
王瑾之本以为，朝廷这下总该是要派人筹措粮食，赈济灾民了。
谁知朝廷商讨许久，竟是想出了攻打桓玄的好主意。当然，桓玄压着粮食不放，吓唬吓唬，让他们放粮也不算错。
可惜此时的皇帝晋安帝司马德宗是出了名的傻子，甚至民间都有耳闻，如今朝政是被年少的司马元显把持的。
这司马元显或许是真的过分年轻了，虽然聪慧，却也将事情想得简单了，对人心的把握也欠缺了些，后面神奇的事情进展也说明了这一点。
说起来也有趣，还在陈家村时，王瑾之等人私下里谈笑，陈严还曾感慨，宗室、高门果然与我们不同，明明是差不多年纪，我等还在为如何建功烦恼，对方已经权势滔天了。
元兴元年（402）正月，司马元显先是大赦，改年号为元兴，之后便公开桓玄的罪状，下令征讨荆州。
他亲自担任骠骑大将军、征讨大都督，以刘牢之为前锋都督，谯王司马尚之为后军统帅。
刚刚说了，司马元显是在正月下令征讨，但直到二月，他还在建康。
这期间，桓玄倒是发来了檄书控诉司马元显的罪状，接着竟是后发制人地先起兵来攻打建康了。
这样一来，司马元显再抵挡不住朝廷上下的催促，不得不出发了。
但戏剧性的是，晋安帝置酒饯行后，他上船没多久竟然又偷偷从船上逃回了家，于是军队始终没能出发。
这发展让王瑾之瞠目结舌，真是见了鬼了，别说司马元显是这一人之下万人之上的身份了，就是个小领导做项目，在这火烧眉毛的时候了，也不会临阵脱逃啊！
这军队迟迟不出发，桓玄的军队倒是一路杀来了，该怎么办呢？举朝上下商讨很久，终于又想出了个绝妙好主意，那就是派遣齐王司马柔之拿着驺虞幡到荆州、江州，命令桓玄罢兵。
结果自然是显而易见的，司马柔之千里送人头，去了就再没能回来。
再看桓玄这边，大军顺流而下，一路经过寻阳（今湖北黄梅县西南）、姑孰（今安徽当涂县），都是畅通无阻，当然了，大队兵马都还在建康那缩着呢，又有谁能来阻拦呢？
一直到了历阳，此时镇守历阳的是豫州刺史谯王司马尚之，也就是征讨军的后军统帅，在这里，桓玄被拦了一下，但也只能是一下了，很快，司马尚之被擒，其弟司马休之则弃城逃跑。
想到这里，王瑾之不由叹气，谁能想到后军统帅竟然能变成前锋了呢。
司马元显不靠谱，刘牢之也相当不靠谱。怎么说呢，这段时间，王瑾之他们一直在建康城旁边的溧州没动弹，每日就训练、休息、训练、休息……
听说前几天，刘牢之的一个叫何穆的族舅来访，那几天刘牢之的儿子刘敬宣和侄子何无忌总来刘裕帐内说话，来时行色匆匆，去时气势汹汹，刘裕的表情也愈发难言。
王瑾之记得，一次路过刘裕营帐时，还隐约听到刘裕在说什么将军糊涂，可惜，声音很快就被压低，再听不清了。
没过几天，也就是三月初一，王瑾之就听说刘牢之派了刘敬宣去桓玄营中。
然后就听说桓玄军已经到了建康，之后就接到命令去追击司马元显。
事情变化得太快了，前段时间，大家还在说着怎么一直不出兵攻打桓玄呢，不成想转眼间自己就变成桓玄这边的了。
这敌我阵营变化得太快，王瑾之虽然隐约有些猜测，但也着实是意外了。
他心中隐隐不安，虽然司马元显不是什么好东西，孙恩叛乱的导火索就是他的“发东土诸郡免奴为客者充兵役”，但刘牢之这时候选择投向桓玄确实是个昏招。
如果桓玄胜了，他必定不会容忍刘牢之再掌控北府军。因为，刘牢之的此次反叛直接导致了司马元显的失败，仔细想想，桓玄在夺权后，还会再允许这样的势力不受自己控制么？
而如果司马元显胜了，这种临阵投降的叛徒，他还能让活着么？
当然，结果显而易见是桓玄胜了，朝廷本就指望着北府军当主力，这北府军一反，自然是一触即溃。
眼见得建康已是唾手可得，桓玄率领的荆州军更是快速逼近，朝廷军未战即溃，四散而逃。很快，司马道子、司马元显父子就被生擒。
不久，成功入主建康、大权在握的桓玄便发动了逮捕报复行动，司马元显、司马尚之等人尽皆被斩首。
而桓玄阵营，则是一人得道鸡犬升天。桓玄的宗族及部下如桓伟、桓谦、桓修、桓石生、卞范之等人均加官进爵。
之后桓玄又行大赦，改年号为隆安。
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